Операцию нужно отражать в обоих разделах 6-НДФЛ за период, в котором юрлицо оплатило работы или услуги, даже если акт их сдачи-приемки стороны подписали в предшествующем периоде.
Такой же вывод можно было сделать и из прошлогоднего письма ФНС.