При такой передаче не имеет значения, кто ремонтировал помещение — сам арендатор или подрядчики.
Аналогичное мнение ведомство уже высказывало. Этого подхода придерживался и ВС РФ в отказном определении.
Впрочем, некоторые арбитражные суды приходят к иному выводу: НДС платить не нужно. Например, АС Московского округа указывал, что у арендатора не возникает права собственности на неотделимые улучшения. Они изначально принадлежат арендодателю. А если нет передачи права собственности последнему, то отсутствует и объект обложения НДС.
Полагаем, арендатору безопаснее руководствоваться разъяснением Минфина.