Если работник потратился на поездку в служебных целях, но командировку ему не оформляли, то эти расходы нужно классифицировать как приобретение транспортных услуг через подотчет.
В учете такие операции отражают по виду расходов 244 "Прочая закупка товаров, работ и услуг для обеспечения государственных (муниципальных) нужд" в увязке с подстатьей 222 "Транспортные услуги" КОСГУ.