Даже если счет учреждения заблокирован, оно все равно может выплатить зарплату, а также перечислить налоги, удержанные с этих выплат, и страховые взносы.
Чтобы воспользоваться заблокированным счетом, никаких специальных мер принимать не нужно. Достаточно, как обычно, направить платежку в казначейство или финорган.