Скорее всего, Минфин рассмотрел ситуацию, когда за счет взносов возместили всю стоимость аптечек, включая и суммы предъявленного НДС. Однако прямо в письме об этом не cказано.
Отметим, что в 2015 году финансисты не были против вычета налога. Тогда ведомство разъясняло вопрос об НДС, возникший при уменьшении взносов на стоимость товарно-материальных ценностей (это могли быть и аптечки) за вычетом данного налога.
Обратим внимание, что в новом письме Минфин ссылается на положения подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ в редакции, которая действовала до 1 января этого года. Тогда норма предписывала восстановить НДС в случае получения субсидии, включающей компенсацию налога.
С этого года налог нужно восстанавливать, даже если НДС не учтен в бюджетных средствах.
Полагаем, если вы приобретаете аптечки за счет взносов на травматизм в этом году, то принимать к вычету предъявленный НДС нельзя. Если же вопрос касается расходов прошлых лет, то правомерность вычета зависит от того, погашена ли стоимость аптечек за счет взносов с учетом налога или нет.