Сами расходы на модернизацию учреждение относит на удорожание балансовой стоимости объекта. А вот заменяемую в результате модернизации запасную часть, которую исполнитель работ передает учреждению, относят на забалансовый счет 02 "Материальные ценности, принятые на хранение". Там она числится до тех пор, пока не будет принято решение о том, каким станет ее дальнейшее функциональное назначение, то есть что с ней будут делать — использовать, продавать и т.д.