Организация должна перечислить взносы с зарплаты гендиректора. Не важно, что он же является единственным учредителем.
Минфин не уточняет, имеет ли значение для уплаты взносов, заключен или нет с директором трудовой договор. Полагаем, даже когда контракт не оформлен, с зарплаты безопаснее перечислить взносы.