Сейчас есть неопределенность в вопросе, в какой очередности списываются денежные средства в счет погашения задолженности по таможенным платежам. В соответствии с НК РФ в части взимания налогов при перемещении товаров через таможенную границу Таможенного союза таможенные органы пользуются правами и несут обязанности налоговых органов. Можно предположить, что долги по "налоговым" таможенным платежам (ввозным НДС и акцизам) должны списываться в третью очередь. Таким образом, если проект станет законом, очередность их списания останется прежней.
Что касается "неналоговых" таможенных платежей (ввозная и вывозная таможенные пошлины, таможенные сборы), очередность их списания может измениться. В настоящее время они списываются в четвертую очередь, так как БК РФ относит таможенные пошлины и таможенные сборы к неналоговым доходам.