Когда такая компания имеет два КПП и по ошибке отразила в счете-фактуре код, присвоенный по месту нахождения, инспекция сможет ее идентифицировать. Полагаем, это следует из письма ФНС, которая вслед за Минфином все же рекомендует указывать КПП крупнейшего налогоплательщика.