Чтобы не было штрафа, воспользуйтесь освобождением от ответственности. Ведь требование о даче пояснений к декларации не говорит, что налоговики нашли нарушение. Погасите недоимку и перечислите пени. После этого подайте уточненку.
Все надо успеть сделать до того, как налоговая составит акт проверки. Именно акт подтверждает, что инспекторы нашли нарушение, следует из письма ФНС.
Аналогичное разъяснение налоговики уже давали.