ВС РФ отказался пересматривать вывод судов о трехлетнем сроке на возврат переплаты. Компания заплатила НДС, а потом скорректировала отчетность, и налога оказалось меньше. Именно дату подачи уточненки суды посчитали началом трехлетнего срока. Тот факт, что инспекция специально не уведомляла налогоплательщика о переплате, значения не имеет. Тем более оказалось, что прошлое руководство компании о переплате знало.
Организация попыталась вернуть переплату, используя и другой аргумент. Когда еще не закончился трехлетний срок, она перечислила налог в бюджет в середине квартала, указав в назначении платежа еще не законченный налоговый период. Когда же пришел срок уплаты налога, она посчитала, что инспекция должна была засчитывать переплату в хронологическом порядке: сначала ту старую, о которой и спор, и только потом совсем новую.
Однако инспекция, которую поддержали кассация и ВС РФ, старую переплату не тронула. В назначении нового платежа был четко указан налог и период, а значит, перевести эти деньги на другой платеж налоговая не могла.