Муниципальные казенные учреждения не относятся к органам местного самоуправления, которые освобождаются от уплаты госпошлины при обращении в суд. Однако если учреждение обращается в суд в защиту государственных и общественных интересов, то оно не должно платить пошлину.
Ранее мы уже приводили аналогичное мнение ВС РФ.