Решение УФНС или ФНС можно обжаловать в суде, только если они приняли новое решение или нарушили процессуальные правила. Об этом напомнили налоговики. Частичная отмена акта не дает права на обжалование. В такой ситуации подавайте в суд на инспекцию, которая вас непосредственно проверяла.
Пленум ВАС РФ придерживался подобного подхода. Налоговики взяли его на вооружение уже давно.