Заказчик и генподрядчик ежемесячно подписывали акты выполненных работ (КС-2) и справки об их стоимости (КС-3). На основании этих документов генподрядчик выставлял счета-фактуры. Заказчик их оплачивал, но в бухучете эти расходы отражал как авансы, а на счет 08 не относил.
НДС по выполненным работам заказчик принял к вычету в том периоде, когда строительство было завершено и был подписан акт по форме N КС-11. Однако инспекция отказала в возмещении части налога: он был отражен в счетах-фактурах, выставленных за пределами трехлетнего срока.
Суды трех инстанций согласились с налоговой. Скорее всего, заказчик считал, что, не принимая к учету выполненные работы, он тем самым сдвигает трехлетний срок для вычета. Однако инспекция, а вместе с ней и суды посчитали: у организации не было правовых оснований, чтобы не отражать спорные хозоперации в учете по мере оформления документов. А значит, и право на вычет возникало в отношении каждой работы тогда, когда по ней были подписаны акт КС-2, справка КС-3 и был выставлен счет-фактура.