По результатам выездной проверки инспекция доначислила организации в том числе налог на имущество. После подтверждения правильности решения проверяющих в суде организация подала уточненные декларации по налогу на прибыль, где в расходах учла доначисления, а полученную переплату пыталась вернуть.
Инспекция частично не согласилась с наличием переплаты, поскольку прошло более трех лет с момента уплаты налога. Однако суды по этому спору компания смогла выиграть.
До того момента, когда суд утвердил правильность доначислений проверяющих по выездной проверке, налогоплательщик добросовестно заблуждался. Значит, он не мог знать об излишней уплате налога. Трехлетний срок на возврат переплаты нужно исчислять со времени вступления в силу решения суда о результатах проверки. В таких обстоятельствах организация имела право на возврат налога.
Однако не всегда в подобных спорах суды встают на сторону налогоплательщиков. Например, АС Московского округа поддержал инспекцию. По обстоятельствам дела компания неправильно (раньше времени) учла убытки, что было выявлено при проверке. Когда решение проверяющих было признано законным, налогоплательщик скорректировал обязательства, учел убытки в другом периоде и заявил о возврате переплаты. Именно по этому спору АС Московского округа пришел к выводу, что организация вполне могла и сама правильно вести учет, а сроки на возврат нужно считать с момента уплаты налога.