Если при импорте товаров таможенники сами списали НДС с единого лицевого счета (ЕЛС), то подтвердить перечисление налога можно декларацией на товары. Платежка не нужна.
В этом случае в графе 7 книги покупок поставьте прочерк, а в графе 3 укажите регистрационный номер декларации на товары. Раздел 8 налоговой декларации заполните аналогично: в стр. 020 разд. 8 приведите регистрационный номер таможенной декларации, а в стр. 100 и 110 поставьте прочерки.
Напомним, ЕЛС открывает сама ФТС. Пошлины и налоги списывают с него, а не со счета, открытого на уровне конкретной таможни. Проверить, есть ли у вас ЕЛС, можно на сайте службы.