Если вы направили сотрудника на профобучение в другой город, то заявляйте вычет НДС по расходам на его проезд и проживание. Минфин не видит в этом ничего страшного. Принимайте налог к вычету так же, как это надо делать по командировочным расходам. Дело в том, что таким сотрудникам вы обязаны компенсировать командировочные расходы, как и в случае обычной служебной поездки.